มิชชาเอล เจ้าชายแห่งซัคเซิน-ไวมาร์-ไอเซอนัค ทรงเสกสมรสครั้งแรกกับเรนาเทอ เฮ็งเคิล เมื่อวันที่ 9 มิถุนายน 2513 และต่อมาทรงหย่ากันเมื่อวันที่ 9 มีนาคม 2517 ไม่มีพระบุตร ต่อมาทรงเสกสมรสอีกครั้งกับดัคมาร์ เฮ็นนิงส์ เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน 2523 มีพระธิดา 1 พระองค์คือ

1. เจ้าหญิงเลโอนีแห่งซัคเซิน-ไวมาร์-ไอเซอนัค

ด้วยความที่พระองค์มีพระธิดาเพียงพระองค์เดียว ตำแหน่งผู้นำราชวงศ์จึงตกไปเป็นของเจ้าชายวิลเฮล็ม แอ็นสท์แห่งซัคเซิน-ไวมาร์-ไอเซอนัค พระญาติ